La historia inicia en 1926, cuando el magizoólogo Newt Scamander recién concluye una excursión por el mundo para encontrar y documentar la extraordinaria variedad de criaturas mágicas.
Llega a la ciudad de Nueva York con la intención de hacer una breve parada y salir sin tener ningún incidente… de no ser por Jacob, un no-maj (el equivalente estadounidense de los muggles), un caso de uso inadecuado de magia y la fuga de algunos de los animales fantásticos de Newt que pueden causar varios problemas para ambos mundos: el mágico y el no-maj.